350 руб
Журнал «Нелинейный мир» №10 за 2013 г.
Статья в номере:
Статистический анализ данных гибридизационных ДНК-микрочипов при исследовании радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток K562 и Me45
Ключевые слова: DNA-microarray cancer radioresistance filtering hierarchical clustering dendrogram
Авторы:
Р.Т. Сибатов - д.ф.-м.н., доцент, кафедра теоретической физики, Ульяновский государственный университет. E-mail: ren_sib@bk.ru Ю.В. Саенко - к.б.н., ст. науч. сотрудник, НИТИ, Ульяновский государственный университет. E-mail: saenkoyv@yandex.ru Е.С. Глущенко - мл. науч. сотрудник, НИТИ, Ульяновский государственный университет. Е-mail: JaneG@yandex.ru А.Н. Бызыкчи - магистрант, НИТИ Ульяновский государственный университет. E-mail: azy.baza@gmail.com
Аннотация:
Анализируются данные по радиационно-индуцированной динамике экспрессии генов, полученные с помощью гибридизационных ДНК-микрочипов высокой плотности. Обсуждается вопрос о выборе координат вектора профилей экспрессии генов для процедуры кластеризации. Осуществлен выбор метрики подобия, координат профилей экспрессии и метода кластеризации с учетом эту зависимости. Проведена подходящая процедура фильтрации, основанная на методе «огибающей шума». Сравниваются результаты, полученные с помощью разных алгоритмов предобработки изображений ДНК-микрочипов.
Страницы: 739-746
Список источников

  1. Wei Keat Lim, Kai Wang, Celine Lefebvre, Andrea Califano. Comparative analysis of microarray normalization procedures: effects on reverse engineering gene networks // Bioinformatics. 2007. V. 23 ISMB/ECCB. P. i282-i288.
  2. ОфициальныйсайткомпанииAffimetrics // Affimetrics Inc. Statistical algorithms description document. 2013. URL: http://www.affymetrics.com/support/technical/whitepapers.affx.
  3. Bolstad B.M., Irizarry R.A., Astrand M., Speed T.P. A comparison of normalization methods for high density oligonucleotidearray data based on variance and bias // Bioinformatics. 2003.V. 19. № 2. Р. 185-193.
  4. Irizarry R.A., Bolstad B., Collin F., Cope L., Hobbs B., Speed T. Summaries of Affymetrix Gene Chip probe level data. 2003. Nucleic Acids Research V. 31. № 4.
  5. Gentleman R.C., Carey V.J., Bates D.M., Bolstad B., Dettling M., Dudoit S., Ellis B., Gautier L., Ge Y., Gentry J., Hornik K., Hothorn T., Huber W., Iacus S., Irizarry R., Leisch F., Li C., Maechler M., Rossini A.J., Sawitzki G., Smith C., Smyth G., Tierney L., Yang J.Y., Zhang J. Bioconductor: Open software development for computational biology and bioinformatics // Genome Biology. 2004. V. 5. № 10. P. R80:1-R80:16.
  6. Gautier L. Affy-analysis of Affymetrix GeneChip data at the probe level // Bioinformatics. 2004. V. 20. № 3. P. 307-315.
  7. Smith C.A. Browser-based Affymetrix Analysis and Annotation // In: Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. New York: Springer. 2005. P. 313-326.
  8. Smyth G.K. Limma: linear models for microarray data // In: Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor. New York: Springer. 2005. P. 397-420.
  9. Gentleman R., Carey V., Huber W., Hahne F. Genefilter: methods for filtering genes from microarray experiments. Version 1.42.0. 2013. URL: http://www.bioconductor.org/ packages/2.12/bioc/manuals/genefilter/man/genefilter.pdf.
  10. Irizarry R.A., Bolstad B., Collin F., Cope L., Hobbs B., Speed T. Summaries of Affymetrix Gene Chip probe level data // Nucleic Acids Research. 2003. V. 31. № 4. P. e15.
  11. Millenaar F.F., Okyere J., May S.T., van Zanten M., Voesenek L. A. C. J.  and Peeters A. J. M.How to decide - Different methods of calculating gene expression from short oligonucleotide array data will give different results // BMC Bioinformatics. 2006. № 7. P. 137.
  12. Methods in Microarray Normalization / ed. by Phillip Stafford. Taylor & Francis Group. LLC. 2008.
  13. Pepper S.D., Saunders E.K., Edwards L.E., Wilson C.L., Miller C.J. // BMC Bioinformatics. 2007. № 8. P. 273.
  14. Baldi P., Long A.D. A Bayesian framework for the analysis of microarray expression data: regularized t-test and statistical inferences of gene changes // Bioinformatics. 2001. V. 17. № 6. P. 509-519.
  15. Miller Jr.R.G., Brown B.W. Beyond ANOVA: basics of applied statistics. Chapman & Hall/CRC. 1997.
  16. Girden E.R. ANOVA: Repeated measures. SAGE Publications. Incorporated. 1992.