350 руб
Журнал «Нейрокомпьютеры: разработка, применение» №9 за 2016 г.
Статья в номере:
Нейроподобный текст-майнинг для выявления и характеризации самых популярных микроРНК
Ключевые слова: нейроподобный текст-майнинг ассоциативные сети автоматическое извлечение знаний микроРНК микроРНК-21 микроРНК-155 микроРНК-34 микроРНК-146 микроРНК-200 микроРНК-29 микроРНК-17 микроРНК-125 микроРНК-122 микроРНК-145
Авторы:
А.А. Кечин - лаборант, лаборатория фармакогеномики, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) А.Э. Кель - ст. науч. сотрудник, Институт химической биологии и фундаментальной медицины, СО РАН (г. Новосибирск) Н.Е. Кушлинский - член-корреспондент РАН, д.м.н., зав. лабораторией клинической биохимии, Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина (Москва) М.Л. Филипенко - к.б.н., зав. лабораторией фармакогеномики, Институт химической биологии и фундаментальной медицины, СО РАН (г. Новосибирск)
Аннотация:
Показано использование методов текст-майнинга не только для извлечения уже известных данных из доступных для анализа биомедицинских текстов, но и синтезирования новых. Выявлены наиболее часто исследуемые микроРНК и суммирована имеющаяся о них информация в базе данных PubMed методами текст-майнинга. Проведена визуализация связи исследуемых микроРНК с клеточными процессами и элементами (мРНК, транскрипция, пролиферация, апоптоз, дифференцировка, выживание), а также тканеспецифичности и органоспецифичности. Установлено. что полученные обобщенные данные могут быть полезны для суммарной оценки роли микроРНК в норме и патологии.
Страницы: 45-56
Список источников

 

  1. John B., Enright A.J., Aravin A., Tuschl T., Sander C., Marks D.S. Human MicroRNA targets // PLoS Biol. 2004. Nov. V. 2 № 11. P. 363.
  2. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. 2005. Jan 14. № 120(1). Р. 15-20.
  3. Xie X., Lu J., Kulbokas E.J., Golub T.R., Mootha V., Lindblad-Toh K., Lander E.S., Kellis M. Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3\' UTRs by comparison of several mammals // Nature. 2005 Mar 17. № 434(7031). Р. 338-45.
  4. Рогаев Е.И., Боринская С.А., Исламгулов Д.В., Григоренко А.П. МикроРНК человека в норме и патологии // Молекулярнаябиология. 2008. Т. 42. № 5. С. 751-764.
  5. Rzhetsky A., Iossifov I., Koike T., Krauthammer M., Kra P., Morris M., Yu H., Duboué P.A., Weng W., Wilbur W.J., Hatzivassiloglou V., Friedman C. GeneWays: a system for extracting, analyzing, visualizing, and integrating molecular pathway data // J Biomed Inform. 2004 Feb. № 37(1). Р. 43-53.
  6. Gerner M., Sarafraz F., Bergman C.M., Nenadic G. BioContext: an integrated text mining system for large-scale extraction and contextualization of biomolecular events // Bioinformatics. 2012. Aug 15. V. 28. № 16. Р. 2154-61.
  7. Okazaki N., Ananiadou S., Tsujii J. Building a high-quality sense inventory for improved abbreviation disambiguation // Bioinformatics. 2010. May 1. № 26(9). Р. 1246-53.
  8. Ivanisenko V.A., Saik O.V., Ivanisenko N.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Kolchanov N.A. ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology // BMC Syst Biol. 2015. № 9.
  9. Kawasaki H., Taira K. Hes1 is a target of microRNA-23 during retinoic-acid-induced neuronal differentiation of NT2 cells // Nature. 2003. Jun 19. V. 423(6942). P. 838-42.
  10. Satta G., Debbia E., Pruzzo C., Calegari L. The peculiar behaviour of coliphage P1vir mutants on restricting hosts // Microbios. 1978. № 22(88). Р. 93-102.
  11. Plasterk R.H. RNA silencing: the genome\'s immune system // Science. 2002 May 17. № 296(5571). Р. 1263-5.
  12. Sirotkin A.V., Kisová G., Brenaut P., Ovcharenko D., Grossmann R., Mlyncek M. Involvement of microRNA Mir15a in control of human ovarian granulosa cell proliferation, apoptosis, steroidogenesis, and response to FSH // Microrna. 2014. № 3(1). Р. 29-36.
  13. Pan Y., Liang H., Chen W., Zhang H., Wang N., Wang F., Zhang S., Liu Y., Zhao C., Yan X., Zhang J., Zhang C.Y., Gu H., Zen K., Chen X. Microrna-200b and microRNA-200c promote colorectal cancer cell proliferation via targeting the reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs // RNA Biol. 2015. № 12(3). Р. 276-89.
  14. Chen T., Gao F., Feng S., Yang T., Chen M. MicroRNA-134 regulates lung cancer cell H69 growth and apoptosis by targeting WWOX gene and suppressing the ERK1/2 signaling pathway // BiochemBiophys Res Commun. 2015. Aug 28. № 464(3). Р. 748-54.
  15. Zhao H., Wen G., Huang Y., Yu X., Chen Q., Afzal T.A., Luong le A., Zhu J., Ye S., Zhang L., Xiao Q. MicroRNA-22 regulates smooth muscle cell differentiation from stem cells by targeting methyl CpG-binding protein 2 // ArteriosclerThrombVasc Biol. 2015 Apr. № 35(4). Р. 918-29.
  16. Zhao Z., Ma X., Sung D., Li M., Kosti A., Lin G., Chen Y., Pertsemlidis A., Hsiao T.H., Du L. MicroRNA-449a functions as a tumor suppressor in neuroblastoma through inducing cell differentiation and cell cycle arrest // RNA Biol. 2015. № 12(5). Р. 538-54.
  17. Belgardt B.F., Ahmed K., Spranger M., Latreille M., Denzler R., Kondratiuk N., von Meyenn F., Villena F.N., Herrmanns K., Bosco D., Kerr-Conte J., Pattou F., Rülicke T., Stoffel M. The microRNA-200 family regulates pancreatic beta cell survival in type 2 diabetes // Nat Med. 2015. Jun. V. 21. № 6. Р. 619-27.
  18. Ge H., Li B., Hu W.X., Li R.J., Jin H., Gao M.M., Ding C.M. MicroRNA-148b is down-regulated in non-small cell lung cancer and associated with poor survival // Int J. ClinExpPathol. 2015. Jan 1. V. 8. № 1. Р. 800-5.
  19. Maroof H., Salajegheh A., Smith R.A., Lam A.K. MicroRNA-34 family, mechanisms of action in cancer // a review Curr Cancer Drug Targets. 2014. № 14(8). Р. 737-51.
  20. Kia R., Kelly L., Sison-Young R.L., Zhang F., Pridgeon C.S., Heslop J.A., Metcalfe P., Kitteringham N.R., Baxter M., Harrison S., Hanley N.A., Burke Z.D., Storm M.P., Welham M.J., Tosh D., Küppers-Munther B., Edsbagge J., Starkey Lewis P.J., Bonner F., Harpur E., Sidaway J., Bowes J., Fenwick S.W., Malik H., Goldring C.E., Park B.K. MicroRNA-122: a novel hepatocyte-enriched in vitro marker of drug-induced cellular toxicity // Toxicol Sci. 2015. Mar. № 144(1). Р. 173-85.
  21. Van Caster P., Brandenburger T., Strahl T., Metzger S., Bauer I., Pannen B., Braun S. Circulating microRNA-122, -21 and -223 as potential markers of liver injury following warm ischaemia and reperfusion in rats // Mol Med Rep. 2015 Aug. № 12(2). Р. 3146-50.
  22. Bojmar L., Karlsson E., Ellegård S., Olsson H., Björnsson B., Hallböök O., Larsson M., Stål O., Sandström P. // PLoS One. 2013. Dec V. 20. № 8(12).
  23. Droettboom M et al. Matplotlib: v1.4.3. Zenodo. 2015.
  24. Hagberg A.A., Schult D.A., Swart P.J. Exploring network structure, dynamics, and function using NetworkX // In Proceedings of the 7th Python in Science Conference (SciPy2008), GäelVaroquaux, Travis Vaught, and Jarrod Millman (Eds.), (Pasadena, CA USA). Aug 2008. P. 11-15.