350 руб
Журнал «Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии» №10 за 2012 г.
Статья в номере:
Визуализация ДНК при гель-электрофорезе флуоресцентным красителем sybr gold по протоколу предокрашивания
Ключевые слова: визуализация ДНК SYBR Gold цианиновые красители электрофоретическая подвижность
Авторы:
Н.Ю. Карпеченко - аспирант, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН В.К. Гасанова - к.м.н., ст. науч. сотрудник, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН Н.В. Ряднинская - лаборант, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН Е.А. Лесовая - к.б.н., мл. науч. сотрудник, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН К.И. Кирсанов - к.б.н., ст. науч. сотрудник, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН Г.А. Белицкий - д.м.н., вед. науч. сотрудник, лаборатория механизмов химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН М.Г. Якубовская - д.м.н., зав. отделом химического канцерогенеза, НИИ канцерогенеза, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН
Аннотация:
Показано существование порогового соотношения SYBR Gold - ДНК, при котором замедления подвижности комплекса ДНК с красителем при электрофорезе не происходило и продемонстрирована высокая стабильность. Установлено, что при использовании высоких соотношений SYBR Gold - ДНК, уменьшающих электрофоретическую подвижность комплекса, наблюдаемый эффект зависит от количества ДНК в образце.
Страницы: 69-73
Список источников
  1. TumaR.S., BeaudetM.P., JinX. etal.Characterization of SYBR Gold nucleic acid gel stain: a dye optimized for use with 300-nm ultraviolet transilluminators // Anal. Biochem. 1999. V. 268. P. 278-288.
  2. Zipper H., Brunner H., Bernhagen J., Vitzthum F. Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications // Nucleic Acids Res. 2004. 32. P. e103.
  3. Oba R., Kudo Y., Sato N. et al.A new method of competitive reverse transcription polymerase chain reaction with SYBR Gold staining for quantitative analysis of mRNA // Electrophoresis. 2006. V. 27. P. 2865-2868.
  4. Suenaga E., Nakamura H. Prestaining method as a useful tool for the agarose gel electrophoretic detection of polymerase chain reaction products with a fluorescent dye SYBR gold nucleic acid gel stain // Anal Sci. 2005. V. 21. P. 619-623.
  5. Kirsanov K.I., Lesovaya E.A., Yakubovskaya M.G., Belitsky G.A.SYBR Gold and SYBR Green II are not mutagenic in  the Ames test // Mut. Res. 2010. V. 699. P. 1-4.
  6. Singer V.L., Lawlor T.E., Yue S. Comparison of SYBR® Green I nucleic acid gel stain mutagenicity and ethidium bromide mutagenicity in the Salmonella/mammalian microsomal reverse mutation assay (Ames test) // Mut. Res. 1999. V. 439. P. 37-47.
  7. Huang Q., Fu W.-L.Comparative analysis of the DNA staining efficiencies of different fluorescent dyes in preparative agarose gel electrophoresis // Clin. Chem. Lab. Med. 2005. V. 43. P. 841-842.
  8. Гасанова В. К., Ряднинская Н.В., Гайар К. и соавт. Встраивание комплементарных олигонуклеотидов в область (CA/TG) 31-повторов линейных и кольцевых дуплексов ДНК // Молекулярная биология. 2010. Т. 44. P. 520-528.
  9. Neschastnova A.A., Markina V.K., Popenko V.I. et al.Mechanism of spontaneous DNA-DNA interaction of homologous linear duplexes // Biochemistry. 2002. 41. P. 7795-7801.
  10. Benson S.C., Mathies R.A., GIazer A.N.Heterodimeric DNA-binding dyes designed for energy transfer: stability and applications of the DNA complexes // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 5720-5726.
  11. Manning G.S. Comments on selected aspects of nucleic acid electrostatics // Biopolymers. 2003. V. 69. P. 137-143.
  12. Cosa G., Focsaneanu K.-S., McLean J.R.N., McNamee J.P., Scaiano J.C.Photophysical properties of fluorescent DNA-dyes bound to single- and double-stranded DNA in aqueous buffered solution // Photochemistry and Photobiology. 2001. V. 73. P. 585-599.
  13. Haugland R.P. Handbook of Fluorescent Probes and Research Chemicals. Molecular Probes. Inc. M. T. Z. Spence. Eugene. 1996.
  14. Armitage B.A. Cyanine Dye-DNA Interactions: Intercalation, Groove Binding, and Aggregation // Top Curr. Chem. 2005. V. 253. P. 55-76.
  15. Petty J.F., Bordelon J.A., Robertson M.A. Thermodynamic characterization of the association of cyanine dyes with DNA // J. Phys. Chem. 2000. V. 104. P. 7221-7227.