Новая математическая модель для прогнозирования эндотелиопротекторной активности веществ на основе молекулярного докинга

А.В. Воронков; А.А. Глушко

Новая математическая модель для прогнозирования эндотелиопротекторной активности веществ на основе молекулярного докинга

А.В. Воронков¹, А.А. Глушко²

научная статья Страницы: 42-47

¹ д.м.н., кафедра фармакологии и патологии, Пятигорский медико-фармацевтический институт - филиал ГБОУ ВПО ВолгГМУ Минздрава России
² к.фарм.н., кафедра физической и коллоидной химии, Пятигорский медико-фармацевтический институт - филиал ГБОУ ВПО ВолгГМУ Минздрава России

Ключевые слова: молекулярный докинг эндотелий оксид азота протеинкиназа изохинолин нафтиридин

Аннотация

На основе данных о структуре и биологической активности 21 производного изохинолина и нафтиридина проведен молекулярный докинг с каталитическим центром протеинкиназы C-η. Для оценки связывания лиганда с рецептором использованы скоринговые функции. В результате анализа данных о связывании исследуемых соединений с ферментом получена математическая модель, позволяющая предсказывать значения pIC50 для ингибирования протеинкиназы C-η.

Для цитирования

Воронков А.В., Глушко А.А. Новая математическая модель для прогнозирования эндотелиопротекторной активности веществ на основе молекулярного докинга // Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии. 2013. № 3. С. 42–47.

Список источников

Maurice J. van Eis. et al. 2,6-Naphthyridines as potent and selective inhibitors of the novel protein kinase C isozymes // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2011. № 21. P. 7367 - 7372.
Catterall W.A. Structure and function of voltage-sensitive ion channel // Science. 1988. № 242. P. 50 - 60.
Chen P.F. et al. Mutationof Glu-361 inhuman endothelial nitric-oxide synthase selectively abolishes L-arginine binding without perturbing the behavior of heme and other redox centers // J. Biol. Chem.1997. № 272. P. 6114 - 6118.
Freeley M., Kelleher D., Long A. Regulation of protein kinase C function by phosphorylation on conserved and non-conserved sites // Cell Signal. 2011. № 23. P. 753 - 762.
Fleming I., Busse R. Signal transduction of eNOS activation // Cardiovascular Research. 1999. № 43. P. 532 - 541.
Iwai N., Inagami T. Identification of two subtypes in the rat type I angiotensin II receptor // FEBS Lett. 1992. № 24. P. 257-260.
Jansen-Olesen I. Role of endothelium and nitric oxide in histamine-induced responses in human cranial arteries and detection of mRNA encoding H1- and H2-receptors by RT-PCR // Br. J. Pharmacol.1997. № 121(1). P. 41 - 48.
Iwabayashi M. Role of serotonin in angiogenesis: Induction of angiogenesis by sarpogrelate via endothelial 5-HT1B/Akt/ eNOS pathway in diabetic mice // Atherosclerosis. 2012. № 220. P. 337 - 342.
Michell B.J. Coordinated control of endothelial nitric-oxide synthase phosphorylation by protein kinase C and the cAMP-dependent protein kinase // J. Biol. Chem. 2001. № 276. P. 17625 - 17628.
Morris G. M.Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function // J. Computational Chemistry.1998. №19. P. 1639 - 1662.
Wagner J. Discovery of 3-(1H-indol-3-yl)-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]pyrrole-2,5-dione (AEB071), a potent and selective inhibitor of protein kinase C isotypes // J. Med. Chem. 2009. № 52. P.6193 - 6196.

[1] Maurice J. van Eis. et al. 2,6-Naphthyridines as potent and selective inhibitors of the novel protein kinase C isozymes // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2011. № 21. P. 7367 - 7372.

[2] Catterall W.A. Structure and function of voltage-sensitive ion channel // Science. 1988. № 242. P. 50 - 60.

[3] Chen P.F. et al. Mutationof Glu-361 inhuman endothelial nitric-oxide synthase selectively abolishes L-arginine binding without perturbing the behavior of heme and other redox centers // J. Biol. Chem.1997. № 272. P. 6114 - 6118.

[4] Freeley M., Kelleher D., Long A. Regulation of protein kinase C function by phosphorylation on conserved and non-conserved sites // Cell Signal. 2011. № 23. P. 753 - 762.

[5] Fleming I., Busse R. Signal transduction of eNOS activation // Cardiovascular Research. 1999. № 43. P. 532 - 541.

[6] Iwai N., Inagami T. Identification of two subtypes in the rat type I angiotensin II receptor // FEBS Lett. 1992. № 24. P. 257-260.

[7] Jansen-Olesen I. Role of endothelium and nitric oxide in histamine-induced responses in human cranial arteries and detection of mRNA encoding H1- and H2-receptors by RT-PCR // Br. J. Pharmacol.1997. № 121(1). P. 41 - 48.

[8] Iwabayashi M. Role of serotonin in angiogenesis: Induction of angiogenesis by sarpogrelate via endothelial 5-HT1B/Akt/ eNOS pathway in diabetic mice // Atherosclerosis. 2012. № 220. P. 337 - 342.

[9] Michell B.J. Coordinated control of endothelial nitric-oxide synthase phosphorylation by protein kinase C and the cAMP-dependent protein kinase // J. Biol. Chem. 2001. № 276. P. 17625 - 17628.

[10] Morris G. M.Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function // J. Computational Chemistry.1998. №19. P. 1639 - 1662.

[11] Wagner J. Discovery of 3-(1H-indol-3-yl)-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]pyrrole-2,5-dione (AEB071), a potent and selective inhibitor of protein kinase C isotypes // J. Med. Chem. 2009. № 52. P.6193 - 6196.

Аннотация

Для цитирования

Похожие статьи