350 руб
Журнал «Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии» №9 за 2011 г.
Статья в номере:
Cтатистический анализ профиля белков микросомальной и цитозольной фракции клеток печени человека
Ключевые слова: микросомы клеток печени человека цитохром P450 монооксигеназная активность метод главных компонент кластерный анализ
Авторы:
О.В. Ларина - мл. науч. сотрудник, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН (Москва). E-mail: lisichka_8@mail.ru М.А. Пятницкий - к.б.н., науч. сотрудник, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. E-mail: mpyat@bioinformatics.ru Н.А. Петушкова - к.б.н., вед.науч.сотрудник, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. E-mail: natalia.petushkova@ibmc.msk.ru И.И. Карузина - д.б.н., зав.лабораторией микросомального окисления, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. E-mail: I.Karuzina@ ibmc.msk.ru А.В. Лисица - д.б.н., зав. лабораторией информационных технологий, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. E-mail: lisitsa.av@gmail.com
Аннотация:
Определена функциональная активность монооксигеназной системы 23 образцов печени человека, полученных путем резекции при хирургическом лечении, а также общее содержание цитохрома Р450 и активность его редокс-партнера NADPH-цитохром с редуктазы микросомальной фракции. Использованы кластерный анализ и метод главных компонент как наиболее часто применяемые в медицине методы статистического анализа. Обнаружено, что биохимический профиль образцов разделяется на две группы. Кластерный анализ применен также для выявления сходства и различия между белками цитозольной фракции клеток печени этих же пациентов. Выявлены 2 кластера, сходные с группами образцов микросомальной фракции печени человека. Комбинация этих методов позволила оценить индивидуальные особенности функционирования монооксигеназной системы микросом и белкового профиля цитозоля печени человека.
Страницы: 29-35
Список источников
  1. Archakov A.I., Bachmanova G.I. Cytochrome P450 and active oxygen. Taylor and Francis. London. 1990.
  2. Ingelman-Sundberg M., Rodriguez-Antona C. Pharmacogenetics of drug-metabolizing enzymes: implications for a safer and more effective drug therapy // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2005. №360. P. 1563-1570.
  3. Anzenbacher P., Anzenbacherova E. Cytochromes P450 and metabolism of xenobiotics // Cellular and Mollecular Life Sciences. 2001. № 58. P. 737-747.
  4. Scripture C.D., Sparreboom A., Figg W.D. Modulation of cytochrome P450 activity: implications for cancer therapy // Lancet Onco. 2005. V. 6. № 10. P. 780-789.
  5. Karuzina I.I., Archakov A.I. Hydrogen peroxide-mediated inactivation of microsomal cytochrome P450 during monooxygenase reactions // Free Radic. Biol. Med. 1994. № 17. P. 557-567.
  6. Galeva N., Alterman M. Comparison of one-dimensional and two dimensional gel electrophoresis as a separation tool for proteomic analysis of rat liver microsomes // Proteomics. 2002. № 2. P. 713-722.
  7. Pearce R.E., McIntyre C.J., Madan A., Sanzgiri U., et al. Effects of freezing, thawing, and storing human liver microsomes on cytochrome P450 activity // Arch. Biochem. Biophys. 1996. № 331. P. 145-169.
  8. Archakov A.I., Bachmanova G.I., Blinder L.V., Zhikhareva V.O., et al. Isolation, analysis and characterization of microsomal ghost fractions // Biokhimia. 1977. № 42. P. 100-112.
  9. Omura T., Sato R. The carbon monoxide binding pigment of liver microsomes. 1. Evidence for its hemoprotein nature. 2. Solubilization, purification and properties // Journal of Biological Chemistry. 1964. № 239. P. 2379-2385.
  10. French J.S., Coon M.G. Properties of NAPDH-cytochrome P450 reductase purified from rabbit liver microsomes // Archives of Biochemistry and Biophysics. 1979. № 195. P. 565-577.
  11. Lowry O.H., Rosebrough N.I., Farr A.L., Randall R.I. Protein measurement with the Folin phenol reagent // J.Biol.Chem. 1951. № 193. P. 265-275.
  12. Burke M.D., Mayer R.T. Differential effects of phenobarbitone and 3-methylcholanthrene induction on the hepatic microsomal metabolism and cytochrome 450-binding of phenoxazone and a homologous series of its n-alkyl ether (alkoxyresorufins) // Chemical and-Biological Interactions. 1983. № 45. P. 243-258.
  13. Hover C.G., Kulkarni A.P. Lipoxygenase-mediated hydrogen peroxide-dependent N demethylation of N,N-dimethylaniline and related compounds // Chemico-Biological Interactions. 2000. № 124. P. 191-203.
  14. Yin H., Tran P., Grenberg G.E., Fischer V. Methanol solvent may cause increased apparent metabolic instability in in vitro assays // Drug Metabolism and Disposition. 2001.  № 29. P. 185-193.
  15. Говорун В.М., Арчаков А.И. Протеомные технологии в современной биомедицинской науке // Биохимия. 2002. T. 67. № 10. С. 1109-1123.
  16. Neuhoff V., Arold N., Taube D., Ehrhardt W. Improved staining of proteins in polyacrylamide gels including isoelectric focusing gels with clear background at nanogram sensitivity using Coomassie Brilliant Blue G-250 and R-250 // Electrophoresis. 1988. № 9. P. 255-262.
  17. Shevchenko A., Wilm M., Vorm O., Mann M. Mass spectrometric sequencing of proteins silver stained polyacrylamide gels // Anal. Chem. 1996. № 68. P. 850858.
  18. Лисица А.В., Петушкова Н.А., Никитин И.П., Згода В.Г., и соавт. Одномерное протеомное картирование цитохромов печени человека // Биохимия. 2009. Т. 74. № 2. С. 190-200.
  19. Lisitsa A.V., Petushkova N.A., Thiele H., Moshkovskii S.A., et al. Application of slicing of one dimensional gels with subsequent slice-by-slice mass spectrometry for the proteomic profiling of human liver cytochromes P450 // J. Proteome Res. 2010. V. 9. № 1. P. 95-103.
  20. Sutton C.W., Sutherland M., Shnyder S., Patterson L.H. Improved preparation and detection of cytochrome P450 isoforms using MS methods // Proteomics. 2010. № 10. P. 327-331.
  21. Kaufman L., Rousseeuw P.J. Finding Groups in Data. Wiley Series in Probability and Statistics. Wiley-Interscience. 2005.
  22. Jenssen R. An information theoretic approach to machine learning. A Diss. For the Deg. Of Dr. Scientiarum. Department of Physics University of Tromso. NO-9037. Norway. 2005.