350 руб
Журнал «Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии» №7 за 2011 г.
Статья в номере:
О центрах комплементарности участков связывания в ГАМКА-рецепторном комплексе
Ключевые слова: молекулярный докинг участок связывания молекулярный дескриптор агонист антагонист ГАМКА-рецептор ГАМК-ергические соединений бензодиазепины
Авторы:
Д.С. Золотых - аспирант, кафедра органической химии, Пятигорская государственная фармацевтическая академия. E-mail: arraxx@rambler.ru Э.Т. Оганесян - д.фарм.н., зав. кафедрой органической химии, Пятигорская государственная фармацевтическая академия. E-mail: edwardov@mail.ru И.П. Кодониди - к.фарм.н., доцент, кафедра органической химии, Пятигорская государственная фармацевтическая академия. E-mail: maxkodonidi@yahoo.com
Аннотация:
Проведено исследование по выявлению центров комплементарности участков связывания -аминомасляной кислоты и бензодиазепинов в ГАМКА-рецепторном комплексе методом квантовой механики AM1 (расчет зарядов на атомах лигандов). С этой целью использован молекулярный докинг (полнофункциональная эволюционная версия Molegro Virtual Docker), в процессе которого учитывалась конформационная подвижность лигандов и рецептора.
Страницы: 45-54
Список источников
  1. База данных [Электронный ресурс]. Режим доступа http://www.expasy.ch/sprot/. Загл. с экрана
  2. Альберт А. Избирательная токсичность. Физикохимические основы терапии. Т. 1. М.: Медицина. 1989. С. 51-53.
  3. Сергеев П.В. Рецепторы физиологически активных веществ. Волгоград. 1999. С. 310-312.
  4. Frolund B., Jorgensen A.T., Tagmose L., Stensbol T.B., Vestergaard H.T., Engblom C., Kristiansen U., Sanchez C., Krogsgaard-Larsen P., Liljefors T. Novel class of potent 4-arylalkyl substituted 3-isoxazolol GABA(A) antagonists: synthesis, pharmacology, and molecular modeling // J. Med. Chem. 2002. V. 45(12). P. 2454-68.
  5. Химический портал[Электронный ресурс]. Режим доступа: http://www.tocris.com/pharmacologicalBrowser.php-ItemId=4965- Загл. с экрана.
  6. Skilbeck K.J., O'Reilly J.N., Johnston G.A.R., Hinton T. The effects of antipsychotic drugs on GABAA receptor binding depend on period of drug treatment and binding site examined // Schizophrenia Research 2007. V. 90. P. 76-80.
  7. Boileau A.J., Evers A.R., Davis A.F., Czajkowski C. Mapping the Agonist Binding Site of the GABAAReceptor: Evidence for a β-Strand // The Journal of Neuroscience. 1999. V. 19(12). P. 4847-4854.
  8. Wagner D.A., Czajkowski C. and Jones M.V. An Arginine Involved in GABA Binding and Unbinding But Not Gating of the GABAAReceptor // The Journal of Neuroscience. 2004. V. 24(11). P. 2733-2741.
  9. Clement E.C. Design and Syntheses of Potential Drugs Based on GABAA Receptor Pharmacophores / Dissertation doctor of philosophy in chemistry. Virginia. 2005.
  10. Padgett C.L., Hanek A.P., Lester H.A., Dougherty D.A., Lummis S.C.R. Unnatural Amino Acid Mutagenesis of the GABAA Receptor Binding Site Residues Reveals a Novel Cation?π Interaction between GABA and β2 Tyr9 // The Journal of Neuroscience. 2007. V. 27(4). P. 886-892.
  11. Кучкаев Б.И., Князев Б.А., Курочкин В.И., Ретрухин В.А. Прогнозирование биологической активности химических соединений с помощбю функции радиального распределения; его применение к физиологически активным веществам гамкергической системы // Хим.-фармац. Журн. 1992. Т. 26. № 4. C. 60 - 62.
  12. Kucken A.M., Teissére J.A., Seffinga-Clark J., Wagner D.A., Czajkowski C. Structural Requirements for Imidazobenzodiazepine Binding to GABAAReceptors // The Journal of Molecular Pharmacology. 2003. V. 63. № 2. P. 289-296.
  13. McKernan R.M., Farrar S., Collins I., Emms F., Asuni A., Quirk K., Broughton H. Photoaffinity Labeling of the Benzodiazepine Binding Site of α1β3γ2 γ-Aminobutyric AcidA Receptors with Flunitrazepam Identifies a Subset of Ligands that Interact Directly with His102 of the α Subunit and Predicts Orientation of These within the Benzodiazepine Pharmacophore // The Journal of Molecular Pharmacology. 1998 Jul. V. 54(1). P. 33-43.
  14. Ivanciuc O. Applications of Support Vector Machines in Chemistry. In: Reviews in Computational Chemistry. V. 23. Eds.: K.B. Lipkowitz and T.R. Cundari. Wiley-VCH, Weinheim. 2007. P. 291 - 400.
  15. Duch W., Swaminathan K., Meller J. Artificial Intelligence Approaches for Rational Drug Design and Discovery // Current Pharmaceutical Design. 2007. V. 13.
  16. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Применение искусственных нейронных сетей в химических и биохимических исследованиях // Вестн. Моск. Ун-та. 1999. Сер. 2. Химия. Т. 40. №5.