Спонтанная олигонуклеотидная инвазия в (CA/TG)n-повторы как основа их функционирования в качестве «горячих» точек рекомбинации

Н.Ю. Карпеченко; В.К. Гасанова; Д.С. Набережнов; Н.Г. Долинная; М.Г. Якубовская

Спонтанная олигонуклеотидная инвазия в (CA/TG)n-повторы как основа их функционирования в качестве «горячих» точек рекомбинации

Н.Ю. Карпеченко¹, В.К. Гасанова², Д.С. Набережнов³, Н.Г. Долинная⁴, М.Г. Якубовская⁵

научная статья Страницы: 30-35

¹ мл. науч. сотрудник, отдел химического канцерогенеза, Российский онкологический научный центр им. Н.Н.Блохина РАМН (Москва)
² к.м.н., ст. науч. сотрудник, отдел химического канцерогенеза, Российский онкологический научный центр им. Н.Н.Блохина РАМН
³ аспирант, отдел химического канцерогенеза, Российский онкологический научный центр им. Н.Н.Блохина РАМН
⁴ д.х.н., вед. науч. сотрудник, лаборатория нуклеиновых кислот, xимический факультет, МГУ им. М.В. Ломоносова
⁵ д.м.н., руководитель отдела химического канцерогенеза, Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина РАМН

Ключевые слова: (CA/TG)n-повторы гомологичная рекомбинация ДНК-ДНК взаимодействие олигонуклеотидная инвазия

Аннотация

Изучены молекулярные механизмы соматической гомологичной рекомбинации. Рассмотрен основной путь репарации двунитевых разрывов ДНК. Продемонстрировано спонтанное встраивание d(GT)10-олигонуклеотидов в (CA/TG)n-повторы про- и эукариотической ДНК. Показано, что мишенью для встраивания d(GT)10 служит лишь небольшая фракция ДНК, после удаления из раствора которой, способность дуплексной ДНК к образованию комплекса не восстанавливается.

Для цитирования

Карпеченко Н.Ю., Гасанова В.К., Набережнов Д.С., Долинная Н.Г., Якубовская М.Г. Спонтанная олигонуклеотидная инвазия в (CA/TG)n-повторы как основа их функционирования в качестве «горячих» точек рекомбинации // Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии. 2014. № 4. С. 30–35.

Список источников

Moynahan M.E., Jasin M. Mitotic homologous recombination maintains genomic stability and suppressestum origenesis // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2010. V. 11. № 3. Р. 196-207.
Lasko D., Cavenee W., Nordenskjöld M. Loss of constitutional heterozygosity in human cancer // Annu Rev. Genet. 1991. V. 25. Р. 281-314.
Tischfield J.A. Loss of heterozygosity or: how I learned to stop worrying and love mitotic recombination // Am. J. Hum. Genet. 1997. V. 61. № 5. Р. 995-999.
Wahls W.P. Meiotic recombination hotspots: shaping the genome and insights into hypervariableminisatellite DNA change // Curr. Top. Dev. Biol. 1998. V. 37. Р. 37-75.
Majewski J., Ott J. GT repeats are associated with recombination on human chromosome 22 // Genome Res. 2000. V. 10. № 8. Р. 1108-1114.
Гасанова В.К., Ряднинская Н.В., Гайар К. и др. Встраивание комплементарных олигонуклеотидов в область (CA/TG)₃₁- повторов линейных и кольцевых дуплексов ДНК // Молекулярная биология. 2010. V. 44. № 3. Р. 520-528.
Johnston BH., Ohara W., Rich A. Stochastic distribution of a short region of Z-DNA within a long repeated sequence in negatively supercoiled plasmids // J. Biol. Chem. 1988. V. 263. № 10. Р. 4512-4515.
Kaluzhny D., Shchyolkina A., Livshits M. et.al.A novel intramolecular G-quartet-containing fold of single-stranded d(GT) (8) and d(GT) (16) oligonucleotides // Biophys. Chem. 2009. V. 143. № 3. Р. 161-165.
Thomas T.J., Messner R.P. A left-handed (Z) conformation of poly(dA-dC). poly(dG-dT) induced by polyamines // Nucleic. Acids. Res. 1986. V. 14. № (16). Р. 6721-6733.
Li Y.C., Korol A.B., Fahima T. et. al.Microsatellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review // Mol. Ecol. 2002. V. 11 № 12. Р. 2453-2465.
Schlötterer C. Evolutionary dynamics of microsatellite DNA // Chromosoma. 2000. V. 109. № 6. Р. 365-371.
Levinson G., Gutman G.A. Slipped-strand mispairing: a major mechanism for DNA sequence evolution // Mol. Biol. Evol. 1987. V. 4. № 3. Р. 203-221.
Kunkel T.A., Bebenek K. DNA replication fidelity // Annu. Rev. Biochem. 2000. V. 69. № 497-529.
Eckert K.A., Mowery A., Hile S.E. Misalignment-mediated DNA polymerase beta mutations: comparison of microsatellite and frame-shift error rates using a forward mutation assay // Biochemistry. 2002.V. 41. № 33.P. 10490-10498.

[1] Moynahan M.E., Jasin M. Mitotic homologous recombination maintains genomic stability and suppressestum origenesis // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2010. V. 11. № 3. Р. 196-207.

[2] Lasko D., Cavenee W., Nordenskjöld M. Loss of constitutional heterozygosity in human cancer // Annu Rev. Genet. 1991. V. 25. Р. 281-314.

[3] Tischfield J.A. Loss of heterozygosity or: how I learned to stop worrying and love mitotic recombination // Am. J. Hum. Genet. 1997. V. 61. № 5. Р. 995-999.

[4] Wahls W.P. Meiotic recombination hotspots: shaping the genome and insights into hypervariableminisatellite DNA change // Curr. Top. Dev. Biol. 1998. V. 37. Р. 37-75.

[5] Majewski J., Ott J. GT repeats are associated with recombination on human chromosome 22 // Genome Res. 2000. V. 10. № 8. Р. 1108-1114.

[6] Гасанова В.К., Ряднинская Н.В., Гайар К. и др. Встраивание комплементарных олигонуклеотидов в область (CA/TG)₃₁- повторов линейных и кольцевых дуплексов ДНК // Молекулярная биология. 2010. V. 44. № 3. Р. 520-528.

[7] Johnston BH., Ohara W., Rich A. Stochastic distribution of a short region of Z-DNA within a long repeated sequence in negatively supercoiled plasmids // J. Biol. Chem. 1988. V. 263. № 10. Р. 4512-4515.

[8] Kaluzhny D., Shchyolkina A., Livshits M. et.al.A novel intramolecular G-quartet-containing fold of single-stranded d(GT) (8) and d(GT) (16) oligonucleotides // Biophys. Chem. 2009. V. 143. № 3. Р. 161-165.

[9] Thomas T.J., Messner R.P. A left-handed (Z) conformation of poly(dA-dC). poly(dG-dT) induced by polyamines // Nucleic. Acids. Res. 1986. V. 14. № (16). Р. 6721-6733.

[10] Li Y.C., Korol A.B., Fahima T. et. al.Microsatellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review // Mol. Ecol. 2002. V. 11 № 12. Р. 2453-2465.

[11] Schlötterer C. Evolutionary dynamics of microsatellite DNA // Chromosoma. 2000. V. 109. № 6. Р. 365-371.

[12] Levinson G., Gutman G.A. Slipped-strand mispairing: a major mechanism for DNA sequence evolution // Mol. Biol. Evol. 1987. V. 4. № 3. Р. 203-221.

[13] Kunkel T.A., Bebenek K. DNA replication fidelity // Annu. Rev. Biochem. 2000. V. 69. № 497-529.

[14] Eckert K.A., Mowery A., Hile S.E. Misalignment-mediated DNA polymerase beta mutations: comparison of microsatellite and frame-shift error rates using a forward mutation assay // Biochemistry. 2002.V. 41. № 33.P. 10490-10498.

Аннотация

Для цитирования

Похожие статьи