ESTIMATION OF EFFICIENCY OF AUTOMATED NUCLEIC ACID EXTRACTION SYSTEMS

O.S. Antonova; N.A. Korneva; A.M. Tsygankov; Y.V. Belov; D.A. Varlamov; Y.V. Kyurdzhiev; A.V. Chernishev

ESTIMATION OF EFFICIENCY OF AUTOMATED NUCLEIC ACID EXTRACTION SYSTEMS

O.S. Antonova¹, N.A. Korneva², A.M. Tsygankov³, Y.V. Belov⁴, D.A. Varlamov⁵, Y.V. Kyurdzhiev⁶, A.V. Chernishev⁷

research article Pages: 47-52

¹ мл. науч. сотрудник, Институт аналитического приборостроения РАН (С.-Петербург)
² техник, Институт аналитического приборостроения РАН
³ инженер, Институт аналитического приборостроения РАН
⁴ к.ф-м.н., зав. сектором Института аналитического приборостроения РАН
⁵ вед. специалист, ЗАО «Синтол»
⁶ к.т.н., доцент, кафедра Э5, МГТУ им. Н.Э. Баумана
⁷ д.т.н., проф., кафедра Э5, МГТУ им. Н.Э. Баумана

Keywords: automatic nucleic acid extraction systems sorption pneumovacuum method magnetic rotation method

Abstract

The article is devoted to the analysis of work of two automatic systems of the test preparation, realizing the serial processing of the initial material by various agents, as well as washing, sedi-mentation and hashing of the sorption carrier, etc. The results were compared to the data received during the process of manual extraction of DNA by a method, used in devices. The fact is that during working with both devices the DNA output has exceeded the values received during the manual extraction by means of the same protocol. There is no basic difference at the estimation of DNA output revealed, extracted by means of open and air-tight systems, that allows us to use leaky system on the basis of the magnetic rotation method for daily medical diagnostics, and to use the device on the basis of pneumovacuum system for work with dangerous microorganisms.

How to cite

Антонова О.С., Корнева Н.А., Цыганков А.М., Белов Ю.В., Варламов Д.А., Кюрджиев Ю.В., Чернышев А.В. ОЦЕНКА ДВУХ ПРИНЦИПИАЛЬНЫХ ПОДХОДОВ К РАЗРАБОТКЕ СИСТЕМЫ АВТОМАТИЗИРОВАННОГО ВЫДЕЛЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ // Технологии живых систем. 2010. № 3. С. 47–52.

References

Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Варламов Д.А., Коновалов С.В., Курочкин В.Е., Маракушин Н.Ф., Петров А.И., Петряков А.О., Румянцев Д.А., Скоблилов Е.Ю., Соколов В.Н., Фесенко В.А., Чернышев А.В. Приборы для диагностики биологических объектов на основе метода полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) // Научное приборостроение. 2006. Т. 16. № 3. С. 132-136.
Hughes C., Galea-Lauri J., Farzaneh F., Darling D. Streptavidin paramagnetic particles provide a choice of three affinity-based capture and magnetic concentration strategies for retroviral vectors // Mol. Ther. 2001. V. 3. № 4. Р. 623-630.
Dubus S., Gravel J.F., Le Drogoff B., Nobert P., Veres T., Boudreau D. PCR-free DNA detection
using a magnetic bead-supported polymeric transducer and microelectromagnetic traps // Anal. Chem. 2006. V. 78. №13. Р. 4457-4464.
Deggerdal A., Larsen F.Rapid isolation of PCR-ready DNA from blood, bone marrow and cultured cells, based on paramagnetic beads // Biotechniques. 1997. V. 22. №3. Р. 554-557.
Verhofstede C., Fransen K., Marissens D., Verhelst R., van der Groen G., Lauwers S., Zissis G., Plum J. Isolation of HIV-1 RNA from plasma: evaluation of eight different extraction methods // J. Virol. Methods. 1996. V. 60. № 2. Р. 155-159.
Berensmeier S.Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids // Appl Microbiol. Biotechnol. 2006. V. 73.P. 495-504.

[1] Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Варламов Д.А., Коновалов С.В., Курочкин В.Е., Маракушин Н.Ф., Петров А.И., Петряков А.О., Румянцев Д.А., Скоблилов Е.Ю., Соколов В.Н., Фесенко В.А., Чернышев А.В. Приборы для диагностики биологических объектов на основе метода полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) // Научное приборостроение. 2006. Т. 16. № 3. С. 132-136.

[2] Hughes C., Galea-Lauri J., Farzaneh F., Darling D. Streptavidin paramagnetic particles provide a choice of three affinity-based capture and magnetic concentration strategies for retroviral vectors // Mol. Ther. 2001. V. 3. № 4. Р. 623-630.

[3] Dubus S., Gravel J.F., Le Drogoff B., Nobert P., Veres T., Boudreau D. PCR-free DNA detection
using a magnetic bead-supported polymeric transducer and microelectromagnetic traps // Anal. Chem. 2006. V. 78. №13. Р. 4457-4464.

[4] Deggerdal A., Larsen F.Rapid isolation of PCR-ready DNA from blood, bone marrow and cultured cells, based on paramagnetic beads // Biotechniques. 1997. V. 22. №3. Р. 554-557.

[5] Verhofstede C., Fransen K., Marissens D., Verhelst R., van der Groen G., Lauwers S., Zissis G., Plum J. Isolation of HIV-1 RNA from plasma: evaluation of eight different extraction methods // J. Virol. Methods. 1996. V. 60. № 2. Р. 155-159.

[6] Berensmeier S.Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids // Appl Microbiol. Biotechnol. 2006. V. 73.P. 495-504.

Abstract

How to cite

Related articles