350 руб
Журнал «Динамика сложных систем - XXI век» №3 за 2013 г.
Статья в номере:
Высокопроизводительный программный комплекс моделирования конформационно-зависимых свойств белков в задачах рационального дизайна лекарственных препаратов
Ключевые слова: нагонное наводнение проблемно-ориентированная среда композитное приложение ансамблевый прогноз затопление территорий
Авторы:
Д.М. Спельников - мл. науч. сотрудник, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: pilule@ya.ru С.Н. Князев - аспирант, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: srknyazev@gmail.com М.А. Балахонцева - аспирант, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: m.balakhontseva@gmail.com М.В. Буздалов - аспирант, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: mbuzdalov@gmail.com Ю.Б. Порозов - к.м.н., зав. лабораторией, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: porozov@ifc.cnr.it В.Г. Маслов - д.ф-м.н., доцент, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: maslov04@bk.ru А.В. Бухановский - д. т. н., профессор, Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики. E-mail: avb_mail@mail.ru
Аннотация:
Представлен высокопроизводительный программный комплекс моделирования конформационно-зависимых свойств белков, который реализует весь цикл расчетов, применяемых при создании новых лекарственных препаратов. При этом распределенная архитектура комплекса на основе платформы CLAVIRE обеспечивает гибкость его настройки для решения различных классов задач и высокий потенциал масштабируемости в неоднородных вычислительных средах.
Страницы: 12-16
Список источников

  1. Gipson B., Hsu D., Kavraki L., Latombe J. Computational models of protein kinematics and dynamics: beyond simulation. Annual reviews of Analytical Chemistry // 2012. V. 5. P. 273-291.
  2. Accelrys - Scientific Enterprise Software for Chemical Research. www.accelrys.com
  3. CLAVIRE: e-Science infrastructure for data-driven computing / Knyazkov K. V., Kovalchuk S. V., Tchurov T. N., Maryin S. V., Boukhanovsky A. V. // Journal of Computational Science. 2012. Т. 3. № 6. P. 504-510.
  4. Karplus M., Kuriyan J. Molecular dynamics and protein function // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. V. 102. P. 6679-6685
  5. Yuriev E., Agostino M., Ramsland P. A. Challenges and advances in computational docking: 2009 in review // J. Mol. Recognit. 2011. V. 24. P. 149-164.
  6. Hansen N., Muller S. D., Koumoutsakos P. Reducing the Time Complexity of the Derandomized Evolution Strategy with Covariance Matrix Adaptation (CMA-ES) // Evolutionary Computation 11(1). 2003.Р. 1-18.
  7. GROMACS -A molecular dynamics package primarily designed for biomolecular systems such as proteins and lipids: режимдоступаwww.gromacs.org.
  8. Васильев В. Н., Бухановский А. В., Козлов С. А., Маслов В. Г., Розанов Н. Н. Высокопроизводительный программный комплекс моделирования наноразмерных атомно-молекулярных систем// Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2008. № 54. С. 3 - 12.